O CHIKV é um alphavirus pertencente à família Togaviradae; possui material genético comporto po RNA de cerca de 12 Kb. O genoma codifica 4 proteínas não estruturais (nsP1 a nsP4) e quatro estruturais (E1 a E4). A partir da variação genética da proteína E1 foram definidas três linhagens virais: Oeste Africano (WA), Leste-Centro-Sul Africano (ECSA) e a Asiática (A). Foi demonstrado em estudos de filogenética, que a linhagem ECSA é a mais antiga e foi se modificando no decorrer do tempo para as outras linhagens, estáveis do ponto de vista epidemiológico. O vírus se mantém no ambiente silvestre causando infecções inaparente em mamíferos. Desde a década de 50 são notificados surtos em ambiente rurais ou semiurbanos, principalmente associado a invasão ou atuação do homem nos ambientes silvestres com pouco impacto na saúde pública.
A grande mudança do perfil epidemiológico ocorreu com uma mutação da proteína estrutural E1 (variante A226V-CHIK) que permitiu a adaptação do vírus ao mosquito Aedes albopictus e que causou as grandes epidemias do Oceano Índico. O tipo viral que vem causando doença no Brasil e nas Américas pertence à linhagem africana, mais adaptada ao Ae. aegypti. Todavia, recentemente foi detectada a variante asiática no Brasil, ainda não se sabe se esse tipo viral possui a mutação que permite à adaptação ao Ae. albopictus e que torna o vírus 100 vezes mais infectante para o mosquito, podendo causar epidemias mais intensas. Sabe-se que não há diferenças entres os tipos virais em relação à clínica e a gravidade da doença, todos seriam semelhantes em relação à doença em seres humanos. Infelizmente vamos ter que esperar a evolução dos fatos.
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